lunedì 21 giugno 2010

Avogadro, software per la modellazione molecolare basato su Open Babel in grado di leggere e convertire oltre 80 formati.

Maria Susana Diaz | 22:28 |
Non è più solo il più famoso chimico italiano Amedeo, ma ora è anche un software per la modellazione molecolare.

La modellazione molecolare è una delle applicazioni più interessanti dell'informatica nella scienza chimica.

Avogadro è un progetto open source multipiattaforma nato da poco tempo nell'ambito del progetto Open Molecules e giunto, ad oggi alla versione 1.0.0

Download:

Aggiornamenti:

Ultima versione rilasciata: Avogadro 1.0.1 (28/04/2010).
nOVITà:

  • Fixed crashes and highlighting in Properties extension
  • Fixed crashes with network extensions when using Qt 4.5.2+
  • Fixed crash on exit if forcefields are missing
  • 3D structures are now downloaded when using Network Fetch
  • Fixed crash in Project Tree Editor
  • Fixed open and save on Windows if non-latin symbols occur in path
  • Fixed saving/loading of last used bond order when drawing
  • Fixed improper behavior of PluginListView (plugin info didn't change on keyboard movements)

New supplementary files:

  • New avopkg tool for management of 3rd party plugins
  • File avogadro.prf for integration with QMake build system for 3rd party extension developers
  • Man pages for Unix platforms




Avogadro, come è detto, è multipiattaforma ed è quindi disponibile per ambienti Linux.

Anzi, nasce proprio come applicazione Linux, per cui il porting in ambiente Windows denuncia in alcuni momenti una certa instabilità. Ma stiamo parlando ancora di una versione beta.

Per ora il programma è disponibile in inglese, francese e tedesco, ma ritengo che presto si affiancheranno altre lingue tra le quali, si spera, l'italiano. Anzi, se qualcuno è interessato, può andare nel sito Rosetta Launchpad e contribuire alla traduzione online.

Avogadro consente di disegnare molecole semplici e complesse con una notevole velocità di esecuzione e con una buona semplicità d'uso. Le molecole possono essere rappresentate in diversi modi, come ad esempio "balls & sticks", orbitali, sfere di Van der Waals, superfici, anelli, legami ad idrogeno. E' disponibile una vasta scelta di frammenti, i principali dei quali sono disponibili subito in un menu a tendina, con la possibilità di scegliere legami semplici, doppi e tripli.

Le molecole create possono essere manipolate a piacere, possono essere lette le distanze interatomiche, orientati gli angoli di legame, definiti con precisione i centri delle stesse.

Alcune estensioni consentono di produrre animazioni su percorsi personalizzati, ottimizzare la geometria e calcolare le energie.

Le molecole possono essere salvate in diversi formati, compresi i più noti come PDB, MDB, Gaussian e possono essere esportate in formato grafico JPG, PNG e BMP.

Per quanto riguarda l'importazione il programma si basa su Open Babel in grado di leggere e convertire oltre 80 formati.

Trattandosi di un prodotto aperto, Avogadro consente a sviluppatori di creare dei plugin per diverse funzioni.

Avogadro, disponibile per il download e informazioni al sito http://avogadro.openmolecules.net sembra un prodotto molto interessante, considerata la sua completa gratuità e per le notevoli potenzialità.
Screenshots.
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