domenica 12 settembre 2010

Software Packages presenti in Ubuntu 10.04 Lucid Lynx Categoria Scienza, parte quarta.

Maria Susana Diaz | 11:46 |
Non solo programmi rilasciata sotto la licenza GPL per Internet, Office, Sicurezza, Grafica, Multimedia oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, ma anche tantissimi programmi, alcuni noti, come Kalign, Mpqc, Kstars, Montecarlo ed altri un po' meno, ma comunque sempre validissimi dedicati alla scienza.

A continuazione l'elenco completo N-R con la solita recensione individuale e i collegamenti all'Home Page ufficiale, guide, tutorials e recensioni, da Ncbi-epcr a Root-system-xrootd.


ncbi-epcr (2.3.12-1) [universe]
Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
ncbi-rrna-data (6.1.20090809-1) [universe]
large rRNA BLAST databases distributed with the NCBI toolkit
ncbi-tools-bin (6.1.20090809-1) [universe]
NCBI libraries for biology applications (text-based utilities)
ncbi-tools-x11 (6.1.20090809-1) [universe]
NCBI libraries for biology applications (X-based utilities)
ncview (1.93g-1) [universe]
A X11 visual browser for NetCDF format files
necpp (1.3.0+cvs20090101-1ubuntu2) [universe]
NEC2 Evolution Antenna Modelling System
netcdf-bin (1:3.6.3-1) [universe]
Programs for reading and writing NetCDF files
njplot (2.3-2) [universe]
A phylogenetic tree drawing program
objcryst-fox (1.8.2~r1158-1) [universe]
Free Objects for Xtallography
odin (1.8.1-1) [universe]
develop, simulate and run magnetic resonance sequences
ogdi-bin (3.2.0~beta2-5) [universe]
Open Geographic Datastore Interface Library -- utilities
openbabel (2.2.3-1build1) [universe]
Chemical toolbox utilities
Open CASCADE Technology piattaforma di sviluppo software 3D CAD, CAM, CAE.


Open CASCADE Technology è una piattaforma di sviluppo software 3D CAD, CAM, CAE, ecc., sviluppata e supportata da OPEN CASCADE S.A.S..


Essa è disponibile sotto la "Open CASCADE Technology Public License" che lo sviluppatore qui specifica "LGPL-like with certain differences".


Nonostante questa specificazione, non è incluso nella List of FSF approved software licenses (lista di compatibilità con la licenza LGPL), redatta dagli editori della LGPL, la Free Software Foundation.


Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.
openjump (1.0-4) [multiverse]
Open Java Unified Mapping Platform JUMP
openmx (3.2.4.dfsg-3build1) [universe]
Package for nano-scale material simulations
openturns-examples (0.13.1-1ubuntu1) [universe]
examples of OpenTURNS functionalities
openturns-validation (0.13.1-1ubuntu1) [universe]
validation files for OpenTURNS
openturns-wrapper (0.13.1-1ubuntu1) [universe]
example of a wrapper for OpenTURNS

Open Universe è un programma che vi permette di viaggiare nell'universo e di esplorare i pianeti e le stelle.


Open Universe è un programma che vi permette di viaggiare nell'universo e di esplorare i pianeti e le stelle.

Se vi è capitato di sognare di compiere un viaggio spaziale ed esplorare le stelle splendenti e i pianeti, allora amerete questo programma.

E' un software con caratteristiche simili a Celestia. Entrambi son programmi di tipo real time, cioè vedrete tutti i pianeti e tutte le stelle muoversi sulle loro orbite in tempo reale.

Ci sono vari modi per navigare nello spazio. Potete cliccare sul tasto invio e quindi inserire il nome del pianeta o della stella o della costellazione.

Quindi scegliere la velocità del viaggio (esempio F2, F3) e cliccando sul tasto g. Pronti? Via!

Oppure si può iniziare il viaggio cliccando e trascinando col mouse, quindi selezionare un oggetto con un clic del pulsante sinistro. Se il nome dell'oggetto appare nell'angolo in alto a sinistra della finestra del programma allora vuol dire che è selezionato.


Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

opj2dat (20080225-2) [universe]
OriginLab Origin project files to data files converter
origami (0.7.3-0ubuntu1) [universe]
command-line management tool for Folding @ Home clients
ossim-core (1.7.21-1) [universe]
The OSSIM core utilities
paje.app (1.97+cvs20080110-2build2) [universe]
generic visualization tool (Gantt chart and more)
paraview (3.4.0-4ubuntu6) [universe]
Parallel Visualization Application
paw (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]
Physics Analysis Workstation - a graphical analysis program
paw++ (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]
Physics Analysis Workstation (Lesstif-enhanced version)
paw-common (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]
Physics Analysis Workstation (common files)
paw-demos (1:2.14.04.dfsg.2-7) [universe]
Physics Analysis Workstation examples and tests
perl-ifeffit (2:1.2.11d-1ubuntu1) [multiverse]
Perl extensions for IFEFFIT
perlprimer (1.1.18-1) [universe]
Graphical design of primers for PCR
perlprimer-doc (1.1.18-1) [universe]
Tutorial to perlprimer
php5-gpib (3.2.11-0.2ubuntu4) [universe]
libgpib PHP5 bindings
phylip (1:3.68-2) [multiverse]
[Biology] A package of programs for inferring phylogenies
phylip-doc (1:3.68-2) [multiverse]
[Biology] A package of programs for inferring phylogenies
phyml (1:200900706-2) [universe]
Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood
picosat (913-1) [universe]
SAT solver with proof and core support
planets (0.1.13-10) [universe]
Gravitation simulation of planetary bodies
plink (1.06-3) [universe]
whole-genome association analysis toolset
poa (2.0+20060928-2) [universe]
Partial Order Alignment for multiple sequence alignment
praat (5.1.25-1) [universe]
program for speech analysis and synthesis
primer3 (1.1.4-1) [universe]
Tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification
probcons (1.12-4) [universe]
PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment
probcons-extra (1.12-4) [universe]
Extra programs from the probcons package
proda (1.0-7) [universe]
multiple alignment of protein sequences
proj (4.7.0-1) [universe]
Cartographic projection filter and library (transitional package)
proj-bin (4.7.0-1) [universe]
Cartographic projection library (tools)
psi3 (3.4.0-2) [universe]
Quantum Chemical Program Suite
psychopy (1.51.00.dfsg-1) [universe]
environment for creating psychology stimuli in Python
pymol (1.2r1-3) [universe]
Molecular Graphics System
python-ifeffit (2:1.2.11d-1ubuntu1) [multiverse]
Python GUI interface and extensions for IFEFFIT
python-necpp (1.3.0+cvs20090101-1ubuntu2) [universe]
Python module for using NEC2++
python-nifti (0.20090303.1-1) [universe]
Python interface to the NIfTI I/O libraries
python-pyepl (1.1.0-1) [universe]
module for coding psychology experiments in Python
python-pyepl-common (1.1.0-1) [universe]
module for coding psychology experiments in Python
python-pyode (1.2.0-4+cvs20090320) [universe]
Python bindings for The Open Dynamics Engine
qfits-tools (6.2.0-2) [universe]
FITS manipulation tools
qmc (0.94-3build1) [universe]
Quine McClusky Simplification Tool
qsearch-tools (1.0.8-3) [universe]
qsearch machine-learning command-line utilities
qtdmm (0.8.12-2.1ubuntu1) [universe]
GUI for digital multimeter
r-cran-colorspace (1.0.1-1) [universe]
GNU R Color Space Manipulation
r-cran-epibasix (1.1-1) [universe]
GNU R Elementary Epidemiological Functions
r-cran-genetics (1.3.4-1) [universe]
GNU R package for population genetics
r-cran-haplo.stats (1.4.4-1) [universe]
GNU R package for haplotype analysis
r-cran-maptools (0.7.26-1) [multiverse]
GNU R Tools for reading and handling spatial objects
r-cran-msm (0.9.5-1) [universe]
GNU R Multi-state Markov and hidden Markov models in continuous time
r-cran-qvalue (1.20.0-1) [universe]
GNU R package for Q-value estimation for FDR control
r-cran-randomforest (4.5-33-1) [universe]
GNU R package implementing the random forest classificator
r-cran-sp (1:0.9-56-2) [universe]
GNU R classes and methods for spatial data
r-cran-spc (0.21-1) [universe]
GNU R Statistical Process Control
r-cran-surveillance (1.1.2-1) [multiverse]
development and the evaluation of epidemiological outbreak detection algorithms
r-cran-vcd (1.2.7-1) [universe]
GNU R Visualizing Categorical Data
r-cran-xtable (1.5.5-1) [universe]
GNU R coerce data to LaTeX and HTML tables
r-other-bio3d (1.0-6-1) [universe]
GNU R package for biological structure analysis
rasmol (2.7.5-1) [universe]
Visualize biological macromolecules
rasmol-doc (2.7.5-1) [universe]
Documentation for rasmol

Raster3D è un insieme di strumenti per la generazione di immagini raster di alta qualità di proteine o altre molecole.

Raster 3D è un insieme di strumenti per la generazione di immagini raster di alta qualità di proteine o altre molecole.

Le sfere principali del programma lo rendono particolarmente adatto per la generazione d'immagini triangolari, cilindriche quadriche con evidenziazione speculare, Phong shading, e shadowing.

Esso utilizza un efficiente algoritmo software Z-buffer, che è indipendente da qualsiasi hardware grafico. Ha anche programmi accessori per calcolare il processo atomico, coordinate dai file PDB in rendering, descrizioni per le immagini, composto di nastri, space-filling atomi, ecc.

Raster3D può essere utilizzato anche per rendere le immagini composte in altri programmi come Molscript in 3D con riflessi , ombre, ecc uscita è quella di pixel file immagine con 24 bit di informazioni di colore per pixel.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina

readseq (1-8) [universe]
[Biology] Conversion between sequence formats
rnahybrid (2.1-2) [universe]
Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes
robot-player (2.0.4-3.3ubuntu5) [universe]
Networked server for robots and sensors
robot-player-dev (2.0.4-3.3ubuntu5) [universe]
Networked server for robots and sensors - development package
robot-player-doc (2.0.4-3.3ubuntu5) [universe]
Networked server for robots and sensors (documentation)
rocs (4:4.4.2-0ubuntu2)
graph theory tool for KDE 4
root-plugin-asimage (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
AfterImage plugin for ROOT
root-plugin-fftw3 (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
FFTw plugin for ROOT
root-plugin-fumili (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Fumili plugin for ROOT
root-plugin-gl (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
GL plugin for ROOT
root-plugin-hbook (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Hbook plugin for ROOT
root-plugin-krb5 (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Kerberos (version 5) plugin for ROOT
root-plugin-minuit2 (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Minuit version 2 plugin for ROOT
root-plugin-mysql (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
MySQL client plugin for ROOT
root-plugin-netx (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
NetX plugin for ROOT
root-plugin-odbc (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
ODBC plugin for ROOT
root-plugin-peac (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
PEAC plugin for ROOT - run-time libraries
root-plugin-pgsql (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
PostgreSQL client plugin for ROOT
root-plugin-proof (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
PROOF plugin for ROOT
root-plugin-qt (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Qt plugin for ROOT
root-plugin-sql (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
SQL plugin for ROOT
root-plugin-xml (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
XML reader plugin for ROOT
root-plugin-xproof (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
XPROOF plugin for ROOT
root-system (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Meta package to install all ROOT packages
root-system-bin (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Numerical data analysis framework - general applications
root-system-common (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Common files for ROOT
root-system-proofd (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Parallel ROOt Facility - distributed, parallel computing
root-system-rootd (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
ROOT remote file server
root-system-xrootd (5.18.00-2.3ubuntu4) [universe]
Extented ROOT file server


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