sabato 2 luglio 2011

5 ottimi programmi dedicati alla scienza in Ubuntu 11.04 Natty Narwhal.

Maria Susana Diaz | 13:02 |
Non solo programmi per Internet, Office oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 11.04 Natty Narwhal, ma anche tantissimi programmi dedicati alla scienza, alcuni noti, altri un po' meno, ma comunque tutti validissimi come la splendida Celestia, il planetario open source; CERN Program Library, grande collezione di uso generale di librerie e moduli di manutenzione sul computer centrale del CERN; Avogrado, software per la modellazione molecolare che consente di disegnare molecole semplici e complesse con una notevole velocità di esecuzione e con una buona semplicità d'uso; Autodock, uno dei programmi di docking più apprezzati che utilizza inoltre una funzione di scoring calibrata (AMBER Force Field), per il calcolo dell’energi o Avida ottimo software per la modellazione molecolare che visualizza strutture 3D in differenti formati: wireframe, backbone, sticks, spacefill, ball and stick, ribbons, strands, e cartoons.

  • Celestia è un simulatore spaziale 3D in tempo reale multipiattaforma che permette all'utente di viaggiare tra stelle e pianeti.

Celestia è un simulatore spaziale 3D in tempo reale multipiattaforma che permette all'utente di viaggiare tra stelle e pianeti verificandone la reale posizione rispetto al periodo temporale indicato.

Essendo un software libero, può essere scaricato e utilizzato gratuitamente.

Diversamente da altri planetari, Celestia permette la visualizzazione dei corpi celesti da una prospettiva che non è assolutamente legata alla superficie terrestre.

Il programma utilizza le OpenGL per generare la grafica.

Il software si presenta ricco di contenuti e, a detta degli autori, preciso. È presente un database di 100.000 corpi celesti, è possibile visualizzare costellazioni, orbite e molto altro ancora.

Nell'ultima versione disponibile sono presenti diversi nuovi strumenti. È possibile per esempio, creare filmati di presentazione, salvare le schermate e generare script. Gli script sono una sequenza di istruzioni che si danno al programma per eseguire determinate procedure.

Grazie a questo strumento si ha un'evoluzione del filmato (cioè il programma funziona autonomamente in base alle istruzioni date). Sicuramente, la novità più interessante è il "cerca eclissi". Grazie a questo strumento si possono prevedere le eclissi che avverranno in un determinato spazio temporale (selezionato dall'utente), riguardo a diversi pianeti nel sistema solare.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.


  • CERN Program Library, grande collezione di uso generale di librerie e moduli di manutenzione sul computer centrale del CERN.

Il CERN Program Library è una grande collezione di uso generale di librerie e moduli di manutenzione sul computer centrale del CERN.

Le due applicazioni più popolari basate su CERNLIB sono PAW e GEANT 3,21 .

La maggior parte di questi programmi sono stati sviluppati al CERN e sono quindi orientate alle esigenze di un laboratorio di ricerca di fisica che è la matematica generale, analisi di dati, simulazione rivelatori, gestione dati ecc. applicabile a una vasta gamma di problemi.

Alcuni strumenti, come cfortran.h sono sviluppate al di fuori del CERN. Alcuni software commerciali (ad esempio: NAG etc ...) sono state acquisite.
 
Gran parte del lavoro che viene svolto attualmente al CERN è incentrato sul Large Hadron Collider (Grande collisore di adroni) e agli esperimenti collegati. Il progetto è operativo dal 10 settembre 2008. 
 
L'acceleratore è situato all'interno dello stesso tunnel circolare di 27 km di lunghezza in precedenza utilizzato dal LEP (Large Electron Positron collider), che non è più operativo dal novembre 2000. 
 
Il complesso di acceleratori PS/SPS viene utilizzato per pre-accelerare i protoni che in seguito vengono immessi nell'LHC. 
 
Il tunnel si trova a 100 m di profondità in media, in una regione compresa tra l'aeroporto di Ginevra e i monti Giura. Cinque diversi esperimenti (CMS, ATLAS, ALICE, LHCb e TOTEM) sono in fase di costruzione, ognuno di essi studierà le collisioni tra particelle con metodi diversi e facendo uso di tecnologie differenti.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

  •  Avogadro, software per la modellazione molecolare.
Avogadro consente di disegnare molecole semplici e complesse con una notevole velocità di esecuzione e con una buona semplicità d'uso. Le molecole possono essere rappresentate in diversi modi, come ad esempio "balls & sticks", orbitali, sfere di Van der Waals, superfici, anelli, legami ad idrogeno. E' disponibile una vasta scelta di frammenti, i principali dei quali sono disponibili subito in un menu a tendina, con la possibilità di scegliere legami semplici, doppi e tripli.

Per ora il programma è disponibile in inglese, francese e tedesco, ma ritengo che presto si affiancheranno altre lingue tra le quali, si spera, l'italiano. Anzi, se qualcuno è interessato, può andare nel sito Rosetta Launchpad e contribuire alla traduzione online.

Avogadro, come è detto, è multipiattaforma ed è quindi disponibile per ambienti Linux.

Anzi, nasce proprio come applicazione Linux, per cui il porting in ambiente Windows denuncia in alcuni momenti una certa instabilità. Ma stiamo parlando ancora di una versione beta.

Per ora il programma è disponibile in inglese, francese e tedesco, ma ritengo che presto si affiancheranno altre lingue tra le quali, si spera, l'italiano. Anzi, se qualcuno è interessato, può andare nel sito Rosetta Launchpad e contribuire alla traduzione online.

Avogadro consente di disegnare molecole semplici e complesse con una notevole velocità di esecuzione e con una buona semplicità d'uso. Le molecole possono essere rappresentate in diversi modi, come ad esempio "balls & sticks", orbitali, sfere di Van der Waals, superfici, anelli, legami ad idrogeno. E' disponibile una vasta scelta di frammenti, i principali dei quali sono disponibili subito in un menu a tendina, con la possibilità di scegliere legami semplici, doppi e tripli.

Le molecole create possono essere manipolate a piacere, possono essere lette le distanze interatomiche, orientati gli angoli di legame, definiti con precisione i centri delle stesse.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.



Le straordinarie capacità predittive di AutoDock 4.0 adesso disponibile sotto la GNU General Public Licence.

Nel ricco scenario dei Molecular Docking Programs , AutoDock gode di ottima reputazione. La licenza libera per uso accademico, la buona affidabilità e l’alta versatilità, hanno fatto di AutoDock uno dei programmi di docking più apprezzati e questo spiega l’alto numero di citazioni in diversi lavori scientifici.

Il moderno AutoDock 4.0 implementa un robusto e collaudato metodo di docking automatico chiamato Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), includendo anche un Monte Carlo Simulated Annealing (SA) ed un tradizionale Genetic Algorithm (GA), entrambi meno efficienti ed affidabili rispetto al primo.

Il programma utilizza inoltre una funzione di scoring calibrata (AMBER Force Field), per il calcolo dell’energia libera.

AutoDock è costituito da due programmi: Il motore di docking (AutoDock) che esegue il docking del ligando basandosi su un set di griglie descriventi la proteina target ed AutoGrid, che pre-calcola queste griglie.

Rispetto alle precedenti versioni, AutoDock 4.0 si mostra ricco di perfezionamenti.

AutoDock è un pacchetto software che simula il fenomeno del docking.

AutoDock è sviluppato dal Laboratorio di Grafica Molecolare dell'Istituto di Ricerca Scripps, gli stessi scienziati responsabili del progetto FightAIDS@Home.
AutoDock viene utilizzato in molti progetti della World Community Grid:
  • FightAIDS@Home
  • Discovering Dengue Drugs - Together
  • Help Fight Childhood Cancer
  • Influenza Antiviral Drug Search

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

Avida, auto-adaptive genetic system for Artificial Life research.
Avida è un software per la modellazione molecolare.

Visualizza strutture 3D in differenti formati: wireframe, backbone, sticks, spacefill, ball and stick, ribbons, strands, e cartoons.

La software house MDLI, che produce Isis Draw, ha inoltre prodotto un plug-in, sia per Nestcape™ che per MS Internet Explorer™, che consente la visualizzazione in pagine Web di molecole 3D.

Il plug-in si chiama Chemscape Chime™ ed è rilasciato nella versione 2.6 SP5 ufficiale e consente la visualizzaione di file in formato MDL Molfile (incluso polimeri, Rgroups, 3D), MDL Rxnfile, Brookhaven Protein Databank (PDB), Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ, Gaussian Input, IEMBL Nucleotide Format, RasMol Script File, Mopac Input File, e Chemical Structure Markup Language File.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.




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