venerdì 9 luglio 2010

Software Packages presenti in Ubuntu 10.04 Lucid Lynx Categoria Scienza, parte terza.

Maria Susana Diaz | 08:17 |
Non solo programmi rilasciata sotto la licenza GPL per Internet, Office, Sicurezza, Grafica, Multimedia oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, ma anche tantissimi programmi, alcuni noti, come Kalign, Mpqc, Kstars, Montecarlo ed altri un po' meno, ma comunque sempre validissimi dedicati alla scienza.

A continuazione l'elenco completo K-M con la solita recensione individuale e i collegamenti all'Home Page ufficiale, guide, tutorials e recensioni:
Kalign allineamento di sequenza multiple globale e progressivo.


Kalign è uno strumento a riga di comando per fare allineamenti multipli di sequenze biologiche. Usa l'algoritmo per corrispondenze di stringhe Wu-Manber per migliorare sia l'accuratezza che la velocità dell'allineamento.

Usa un approcco globale, progressivo per l'allineamento, arricchito dall'uso di un algoritmo per corrispondenze approssimate di stringhe per calcolare le distanze tra le sequenze e incorporando corripondenze locali nell'allineamento globale.

In comparazioni fatte dai suoi stessi autori, Kalign era circa 10 volte più veloce di ClustalW e, a seconda della dimensione dell'allineamento, fino a 50 volte più veloce dei metodi iterativi popolari.
Kalzium è un software libero che consente la visualizzazione della tavola periodica degli elementi.

Kalzium è un programma per la visualizzazione della tavola periodica degli elementi per l'ambiente desktop KDE.


Il programma contiene informazione sugli elementi chimici, incluso la massa, carica, foto, informazioni sulla scoperta, dati sulla chimica e sull'energia, e un modello dell'atomo.


La tabella può essere configurata per mostrare la numerazione, la fase, e il colore degli elementi in vari modi.


È possibile colorare la tabella stessa in base a varie proprietà chimiche, ad esempio per blocchi o secondo la famiglia di ogni elemento, oppure colorando gli elementi con un gradiente di colore rosso a seconda di una proprietà come il punto di ebollizione o il raggio atomico. Inoltre è disponibile un indice per date che consente di mostrare solo gli elementi scoperti fino a una data specifica.



KStars planetario digitale per KDE capace di fornire un'accurata simulazione del cielo notturno, con stelle, costellazioni e galassie.

KStars è un programma di simulazione astronomica incluso nel pacchetto kdeedu di KDE. È un software libero distribuito con licenza GNU General Public License.

KStars fa parte del modulo kdeedu (programmi di edutainment) di KDE, e viene normalmente rilasciato assieme agli altri programmi.

E' un planetario digitale per KDE (K Desktop Environment) capace di fornire un'accurata simulazione del cielo notturno, con stelle, costellazioni, ammassi, nebulose, galassie, tutti i pianeti, il Sole, la Luna, comete e asteroidi. Si può vedere il cielo come appare da qualsiasi località terrestre, in qualsiasi data.



kxterm (2006.dfsg.2-14ubuntu2) [universe]
CERNLIB data analysis suite - KUIP terminal emulator
last-align (87-1) [universe]
genome-scale comparison of biological sequences
libball1.3 (1.3.2-2) [universe]
Biochemical Algorithms Library
libballview1.3 (1.3.2-2) [universe]
Biochemical Algorithms Library, VIEW framework
libbio-ruby (1.4.0-2) [universe]
bioruby tools for computational molecular biology
libbio-ruby1.8 (1.4.0-2) [universe]
bioruby tools for computational molecular biology
libbiojava-java (1:1.7.1-1) [universe]
Java API to biological data and applications
libbiojava-java-demos (1:1.7.1-1) [universe]
Example programs for BioJava
libbiojava1.7-java (1:1.7.1-1) [universe]
Java API to biological data and applications
libgeotiff-epsg (1.2.5-1) [multiverse]
the GeoTIFF library -- EPSG Geodetic Parameter Dataset
libghemical-data (2.98-2) [universe]
Molecular Modelling Library (data files)
libgpib-bin (3.2.11-0.2ubuntu4) [universe]
libgpib support applications and configuration
libgrib-api-data (1.8.0.1-1) [universe]
grib_api definition files
liblas-bin (1.2.1-1) [universe]
ASPRS LiDAR data translation toolset
libnecpp-dev (1.3.0+cvs20090101-1ubuntu2) [universe]
development files for libnecpp
libnecpp0 (1.3.0+cvs20090101-1ubuntu2) [universe]
library to use NEC2++
libstxxl1 (1.2.1-2) [universe]
C++ STL drop-in replacement for extremely large datasets
libworldwind-java (0.5.0-7) [multiverse]
3D Virtual Globe
lipsia (1.6.0-3) [universe]
analysis suite for MRI and fMRI data
loki (2.4.7.4-4) [universe]
MCMC linkage analysis on general pedigrees
loki-doc (2.4.7.4-4) [universe]
Postscript manual for loki
lutefisk (1.0.5a.cleaned-1) [universe]
de novo interpretation of peptide CID spectra
mafft (6.717-1) [universe]
Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences
maq (0.7.1-3) [universe]
maps short fixed-length polymorphic DNA sequence reads to reference sequences
massxpert (2.1.1-1) [universe]
linear polymer mass spectrometry software
massxpert-data (2.1.1-1) [universe]
linear polymer mass spectrometry software - arch-indep data
mayavi2 (3.3.0-1) [universe]
A scientific visualization package for 2-D and 3-D data
meep (1.1.1-3build1) [universe]
software package for FDTD simulation
meep-mpi (1.1.1-3build1) [universe]
software package for FDTD simulation, parallel (mpich) version
melting (4.3c-1) [universe]
compute the melting temperature of nucleic acid duplex
melting-gui (4.3c-1) [universe]
graphical interface to compute the melting temperature of nucleic acid duplex
merkaartor (0.14+svnfixes~20090912-2build1) [universe]
map editor for OpenStreetMap.org
mgltools-geomutils (1.5.4.cvs.20090603-1) [multiverse]
Python library for geometric analyses
mgltools-pyautodock (1.5.4.cvs.20090603-1) [multiverse]
Python implementation of autodock
mgltools-scenario (1.5.4.cvs.20090514-1) [multiverse]
Python-based viewer of molecular structures
mgltools-symserv (1.5.4.cvs.20090603-1) [multiverse]
Symetry server
mgltools-utpackages (1.5.4.cvs.20090603-1) [multiverse]
UT Austin software Python extensions
mgltools-vision (1.5.4.cvs.20090603-1ubuntu1) [multiverse]
Python-based Visual Programming Environment
minc-tools (2.0.18-1build1) [universe]
MNI medical image format tools
minisat2 (070721-8) [universe]
Fast and lightweight SAT solver
mipe (1.1-3) [universe]
Tools to store PCR-derived data
mitools (1.8.1-1) [universe]
view, convert and perform basic maths with medical image datasets
mmass (2.4.0-4) [universe]
Mass spectrometry tool for proteomics
mn-fit (5.13-7) [universe]
interactive analysis package for fitting data and histograms
mn-fit-common (5.13-7) [universe]
common files for Mn_Fit
molphy (2.3b3-5) [multiverse]
Program Package for MOLecular PHYlogenetics
montecarlo-base (2006.dfsg.2-5ubuntu3) [universe]
[Physics] Common files for CERNLIB Monte Carlo libraries
montecarlo-data (2006.dfsg.2-5ubuntu3) [universe]
[Physics] data for CERNLIB Monte Carlo libraries
mopac7-bin (1.14-4) [universe]
Semi-empirical Quantum Chemistry Library (binaries)
mpb (1.4.2-14build1) [universe]
MIT Photonic-Bands
mpb-mpi (1.4.2-14build1) [universe]
MIT Photonic-Bands, parallel (mpich) version
mpqc (2.3.1-4) [universe]
The Massively Parallel Quantum Chemistry Program
mpqc-support (2.3.1-4) [universe]
Support programs and tools for MPQC
mrpt-apps (0.8.1svn1408-1) [universe]
Mobile Robot Programming Toolkit - Console and GUI applications
mrpt-libs (0.8.1svn1408-1) [universe]
Mobile Robot Programming Toolkit - All the libraries

Mssstest rileva la velocità di progressione della malattia delle persone con sclerosi multipla (SM).

Supponiamo che uno è interessato a determinare se il genotipo in qualche luogo di interesse influenza la velocità di progressione della malattia delle persone con sclerosi multipla (SM).

Un metodo sarebbe quello di calcolare il punteggio EDSS medio in pazienti con ciascuno dei genotipi e verificare se esse sono significativamente diverse.

Tuttavia, questo approccio è inefficiente se i pazienti hanno il loro EDSS valutati a diversa durata della malattia, per pazienti che hanno avuto più di MS hanno in genere più elevati punteggi EDSS indipendentemente dal loro genotipo.

Regolando per durata, un test più potente può essere sviluppato.

Scheda completa e istruzioni per il download

mummer (3.22~dfsg-2) [universe]
Efficient sequence alignment of full genomes

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