giovedì 13 maggio 2010

Software Packages presenti in Ubuntu 10.04 Lucid Lynx Categoria Scienza, parte prima.

Maria Susana Diaz | 19:24 |
Non solo programmi per Internet, Office oppure il divertimento offre la nuova versione di Ubuntu 10.04 Lucid Lynx, ma anche tantissimi programmi, alcuni noti, come la splendida Celestia, il planetario open source, Avogrado, Autodock  che implementa un robusto e collaudato metodo di docking automatico o Abinit programma open source di calcolo della struttura elettronica ed altri un po' meno conosciuti, ma comunque sempre validissimi dedicati alla Scienza.

A continuazione l'elenco completo A-E:


ABINIT programma open source di calcolo della struttura elettronica.
ABINIT è un pacchetto il cui programma principale permette di trovare l'energia totale, la densità di carica e la struttura elettronica di sistemi costituiti da elettroni e nuclei (molecole e solidi) all'interno della teoria del funzionale della densità (DFT), utilizzando pseudopotenziali e una base planewave.

ABINIT include anche opzioni per ottimizzare la geometria secondo le forze DFT e sollecitazioni, o per eseguire simulazioni di dinamica molecolare con queste forze, o per generare matrici dinamiche, cariche Nato efficace e tensori dielettrico. 

In aggiunta al codice ABINIT principale, sono forniti programmi di utilità differenti.
 
Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina
 
 
achilles (2-8) [universe]
An artificial life and evolution simulator
adun.app (0.8.2-1ubuntu4) [universe]
Molecular Simulator for GNUstep
aeskulap (0.2.2b1-5) [universe]
medical image viewer and DICOM network client
alien-hunter (1.7-1) [universe]
Interpolated Variable Order Motifs to identify horizontally acquired DNA
altree (1.0.1-3) [universe]
program to perform phylogeny based analyses
altree-examples (1.0.1-3) [universe]
example files for ALTree
amap-align (2.2-1) [universe]
Protein multiple alignment by sequence annealing
apbs (1.2.1b-1) [universe]
Adaptive Poisson Boltzmann Solver

 L'Almanacco Astronomico calcola la posizione di pianeti e stelle in posizioni geocentriche e topocentriche.
 
 
Il programma Almanacco Astronomico calcola la posizione orbitale di corpi planetari ed effettua rigorose riduzioni delle coordinate in posizioni geocentriche e topocentriche (altitudine e azimut locali). Inoltre riduce le posizioni di cataloghi di stelle forniti nel sistema FK4 o FK5.

Sono inclusi i dati per le 57 stelle navigazionali. La maggior parte degli algoritmi utilizzati proviene dall'AA (Astronomical Almanac) pubblicato dal Government Printing Office degli Stati Uniti.

Il programma aa segue algoritmi rigorosi per la riduzione delle coordinate celesti esattamente come definiti nelle edizioni attuali dell'Astrological Almanac.

La riduzione alla posizione geocentrica apparente è stata controllata usando una speciale versione del programma (aa200) che prende le posizioni dei pianeti direttamente dai dati numerici DE200 sul sistema solare del Jet Propulsion Laboratory.

I risultati combaciano perfettamente con le tabelle dell'Astronomical Almanac dal 1987 in poi (gli almanacchi precedenti usavano un metodo di riduzione leggermente diverso).
Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina  
Le straordinarie capacità predittive di AutoDock 4.0 adesso disponibile sotto la GNU General Public Licence.
Nel ricco scenario dei Molecular Docking Programs , AutoDock gode di ottima reputazione. La licenza libera per uso accademico, la buona affidabilità e l’alta versatilità, hanno fatto di AutoDock uno dei programmi di docking più apprezzati e questo spiega l’alto numero di citazioni in diversi lavori scientifici. Il moderno AutoDock 4.0 implementa un robusto e collaudato metodo di docking automatico chiamato Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), includendo anche un Monte Carlo Simulated Annealing (SA) ed un tradizionale Genetic Algorithm (GA), entrambi meno efficienti ed affidabili rispetto al primo. Il programma utilizza inoltre una funzione di scoring calibrata (AMBER Force Field), per il calcolo dell’energia libera. AutoDock è costituito da due programmi: Il motore di docking (AutoDock) che esegue il docking del ligando basandosi su un set di griglie descriventi la proteina target ed AutoGrid, che pre-calcola queste griglie. Rispetto alle precedenti versioni, AutoDock 4.0 si mostra ricco di perfezionamenti.
Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.
avce00 (2.0.0-2) [universe]
Tools for conversion of ESRI Arcinfo (binary) Vector Coverage in E00 format.

Avida, auto-adaptive genetic system for Artificial Life research.
Avida è un software per la modellazione molecolare.

Visualizza strutture 3D in differenti formati: wireframe, backbone, sticks, spacefill, ball and stick, ribbons, strands, e cartoons.

La software house MDLI, che produce Isis Draw, ha inoltre prodotto un plug-in, sia per Nestcape™ che per MS Internet Explorer™, che consente la visualizzazione in pagine Web di molecole 3D.

Il plug-in si chiama Chemscape Chime™ ed è rilasciato nella versione 2.6 SP5 ufficiale e consente la visualizzaione di file in formato MDL Molfile (incluso polimeri, Rgroups, 3D), MDL Rxnfile, Brookhaven Protein Databank (PDB), Minnesota Supercomputer Center's (MSC) XMol XYZ, Gaussian Input, IEMBL Nucleotide Format, RasMol Script File, Mopac Input File, e Chemical Structure Markup Language File.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

 
Avogadro, software per la modellazione molecolare.
Avogadro consente di disegnare molecole semplici e complesse con una notevole velocità di esecuzione e con una buona semplicità d'uso. Le molecole possono essere rappresentate in diversi modi, come ad esempio "balls & sticks", orbitali, sfere di Van der Waals, superfici, anelli, legami ad idrogeno. E' disponibile una vasta scelta di frammenti, i principali dei quali sono disponibili subito in un menu a tendina, con la possibilità di scegliere legami semplici, doppi e tripli.

Per ora il programma è disponibile in inglese, francese e tedesco, ma ritengo che presto si affiancheranno altre lingue tra le quali, si spera, l'italiano. Anzi, se qualcuno è interessato, può andare nel sito Rosetta Launchpad e contribuire alla traduzione online.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.
ballview (1.3.2-2) [universe]
A free molecular modeling and molecular graphics tool


Bauble raccolta di software per studiare la biodiversità progettato e utilizzato nel Belize Botanic Garden.

Bauble è una raccolta di software creato e utilizzato nel Giardino Botanico di Belize nell'America Centrale per studiare la biodiversità. Per biodiversità si intende l'insieme di tutte le forme viventi, geneticamente dissimili e degli ecosistemi ad esse correlati. Quindi biodiversità implica tutta la variabilità biologica: di geni, specie, habitat ed ecosistemi.

Caratteristiche:

* Bauble è progettato per essere semplice, elegante ed intuitivo.
* Bauble è gratuito rilasciato sotto licenza GPL il che significa che è possibile scaricare, distribuire e modificare il codice sorgente finché le modifiche apportate siano sotto licenza GPL
* Bauble è multi-piattaforma.
* Con Bauble possibile generare report attraverso un backend di formattazione XS.
* Bauble supporta tagging.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

Bibus database open source creare, modificare, ordinare e cercare i propri record bibliografici.



Bibus è un programma di gestione di dati bibliografici: permette di creare, modificare, ordinare e cercare i propri record bibliografici. Inoltre, Bibus offre delle funzionalità che lo rendono unico tra i database bibliografici open source e anche commerciali:

* Organizzazione gerarchica dei riferimenti usando chiavi create dall'utente
* Concepito per ambienti multi-utente
o Si può condividere il database con un "illimitato" numero di utenti
o Ogni utente ha la propria classificazione
o Si possono stabilire i permessi per i singoli utenti: sola lettura o lettura e scrittura
* Ricerca live: le ricerche si aggiornano se il database cambia
* Ricerca on-line PubMed
* Ricerca on-line eTBLAST
* Inserimento dei riferimenti e formattazione delle bibliografie in due word processor molto usati (OpenOffice.org e Microsoft Word)
* Supporto di lingue straniere attraverso Unicode and gettext. Dalla versione 1.2, Bibus è disponibile in Inglese, Francese, Portoghese, Tedesco, Spagnolo e Cinese.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.
biococoa.app (1.6.0-8build1) [universe]
biological sequence file format conversion applet for GNUstep
bioperl (1.6.1-1ubuntu1) [universe]
Perl tools for computational molecular biology
bioperl-run (1.6.1-1) [universe]
Wrapper modules for BioPerl
biosquid (1.9g+cvs20050121-2) [universe]
utilities for biological sequence analysis
bist (0.5.1-1) [universe]
chemical drawing tool
bkchem (0.13.0-1) [universe]
Python based chemical structures editor
blast2 (1:2.2.21.20090809-1) [universe]
Basic Local Alignment Search Tool
blinken (4:4.4.2-0ubuntu2) [universe]
KDE 4 version of the Simon electronic memory game
bodr (8-1) [universe]
Blue Obelisk Data Repository
boinc-app-milkyway (0.18d-1) [universe]
Milkyway@home application for the BOINC client
boinc-app-seti (5.13+cvs20060510-6ubuntu1) [universe]
SETI@home application for the BOINC client
boxshade (3.3.1-4) [universe]
Pretty-printing of multiple sequence alignments
bwa (0.5.5-1) [universe]
Burrows-Wheeler Aligner
caret (5.6.1~dfsg.1-4ubuntu2) [universe]
Computerized Anatomical Reconstruction and Editing Toolkit
cassbeam (1.0-8) [universe]
A program for Cassegrain antenna modelling
cbflib-bin (0.7.9.1-3) [universe]
utilities to manipulate CBF files
Celestia è un simulatore spaziale 3D in tempo reale multipiattaforma che permette all'utente di viaggiare tra stelle e pianeti.

Celestia è un simulatore spaziale 3D in tempo reale multipiattaforma che permette all'utente di viaggiare tra stelle e pianeti verificandone la reale posizione rispetto al periodo temporale indicato.

Essendo un software libero, può essere scaricato e utilizzato gratuitamente.

Diversamente da altri planetari, Celestia permette la visualizzazione dei corpi celesti da una prospettiva che non è assolutamente legata alla superficie terrestre.

Il programma utilizza le OpenGL per generare la grafica.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.




CERN Program Library, grande collezione di uso generale di librerie e moduli di manutenzione sul computer centrale del CERN.

Il CERN Program Library è una grande collezione di uso generale di librerie e moduli di manutenzione sul computer centrale del CERN.

Le due applicazioni più popolari basate su CERNLIB sono PAW e GEANT 3,21 .

La maggior parte di questi programmi sono stati sviluppati al CERN e sono quindi orientate alle esigenze di un laboratorio di ricerca di fisica che è la matematica generale, analisi di dati, simulazione rivelatori, gestione dati ecc. applicabile a una vasta gamma di problemi.

Alcuni strumenti, come cfortran.h sono sviluppate al di fuori del CERN. Alcuni software commerciali (ad esempio: NAG etc ...) sono state acquisite.

Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

cgns-convert (2.5.4-2build1) [universe]
CFD General Notation System - Conversion tools
chemtool (1.6.12-1) [universe]
Chemical structures drawing program
clustalw (2.0.10-1) [multiverse]
global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
clustalw-mpi (0.15-1) [multiverse]
MPI-distributed global sequence alignment with ClustalW
clustalx (2.0.12-2) [multiverse]
Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
COIN-OR progetto per stimolare lo sviluppo di software open-source.
 
 
L'infrastruttura di calcolo per la Ricerca Operativa (COIN-OR **, o semplicemente COIN) progetto è un'iniziativa per stimolare lo sviluppo di software open-source.
 
Perché open source? L' Open Source Initiative lo spiega bene. Quando le persone possono leggere, ridistribuire e modificare il codice sorgente, il software evolve. Le persone lo migliorano, lo adattano gente, la gente correggere i bug. 
 
I risultati di sviluppo open source sono stati notevoli. Sforzi su base comunitaria per lo sviluppo software sotto licenze open-source hanno prodotto codici sorgenti di alta qualità.
 
Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina. 
complearn-gui (1.0.7-2) [universe]
interactive 3d data mining tool and demo for universal machine learning
complearn-tools (1.1.6-1) [universe]
complearn machine-learning command-line utilities


ctsim (5.1.3-3) [universe]
Computed tomography simulator
ctsim-help (5.1.3-3) [universe]
Online help file for CTSim
dans-gdal-scripts (0.14-1build1) [universe]
GDAL contributed tools by Geographic Information Network of Alaska
dcmtk (3.5.4-4) [universe]
The OFFIS DICOM toolkit command line utilities
dialign (2.2.1-3) [universe]
Segment-based multiple sequence alignment
dialign-tx (1.0.2-1) [universe]
Segment-based multiple sequence alignment
dialign-tx-data (1.0.2-1) [universe]
Common data files for dialign-tx
dicomnifti (2.28.14-1build1) [universe]
converts DICOM files into the NIfTI format
drawmap (2.5-3) [universe]
draws customized maps, using raw USGS data files
drawxtl (5.4+dfsg-5) [universe]
crystal structure viewer
dsdp (5.8-8) [universe]
Software for Semidefinite Programming
dx (1:4.4.4-2ubuntu3) [universe]
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) - main package
dxsamples (4.2.0-1) [universe]
Sample programs for the OpenDX Data Explorer
e00compr (1.0.1-1) [universe]
a program to read/write Arc/Info compressed E00 files
 EasyChem disegno di molecole e formule chimiche 2D di alta qualità.
 
 
EasyChem è un programma che aiuta a creare diagrammi di alta qualità di molecole e di formule chimiche 2D, i quali possono essere esportati come PDF, PS, LaTeX e fig.

EasyChem è stato originariamente sviluppato per creare diagrammi per libri di chimica ed è ora usato di frequente a questo scopo in libri relativi alla chimica commerciali e non commerciali.
Scheda completa e istruzioni per il download in questa pagina.

ecs (2.0.0.beta2-2build1) [universe]
Code_Saturne Preprocessor
elmer (5.5.0.svn.4262.dfsg-1ubuntu1) [universe]
finite element multiphysics suite - binaries
elmer-common (5.5.0.svn.4262.dfsg-1ubuntu1) [universe]
finite element multiphysics suite - architecture-independent files

embassy-domainatrix (0.1.0+20090715-1) [universe]
Extra EMBOSS commands to handle domain classification file
embassy-domalign (0.1.0+20090715-1) [universe]
Extra EMBOSS commands for protein domain alignment
embassy-domsearch (0.1.0+20980715-1) [universe]
Extra EMBOSS commands to search for protein domains
embassy-phylip (3.68-1) [multiverse]
EMBOSS conversions of the programs in the phylip package
emboss (6.1.0-5) [universe]
the european molecular biology open software suite
emboss-data (6.1.0-5) [universe]
data files for the EMBOSS package
emboss-explorer (2.2.0-7) [universe]
web-based GUI to EMBOSS
engauge-digitizer (4.1-2) [universe]
interactively extracts numbers from bitmap graphs or maps
ent (1.1debian-1ubuntu1) [universe]
pseudorandom number sequence test program
epigrass (2.0b3~dfsg-2) [universe]
scientific tool for simulations and scenario analysis in network epidemiology
eprover (1.0.004-1ubuntu1) [universe]
Theorem prover for first-order logic with equality
eprover-doc-html (1.0.004-1ubuntu1) [universe]
Theorem prover for first-order logic with equality - HTML doc
eprover-examples (1.0.004-1ubuntu1) [universe]
Theorem prover for first-order logic with equality - examples
exonerate (2.2.0-2) [universe]
generic tool for pairwise sequence comparison
extrema (4.4.2-1) [universe]
powerful visualization and data analysis tool


Ricerca personalizzata




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